Em Prototype, o protagonista passeia por prédios e construções lembrando as acrobacias corporais do esporte Parkour e os saltos daquele game. A trama se passa em Nova York onde o personagem principal está em busca de seu passado e dos mistérios que permeiam seus super-poderes, notadamente, o de absorver as memórias de quem ele matou e a capacidade de executar formas de ataques de maneira sobrehumana, além de poder se disfarçar como quem foi consumido por ele.